教皇パウロ3世は、プロテスタントの改革に応じてカトリック教会を保存し、それを改革することに最も興味がありました 。これはいくつかの重要な領域に現れました：
* トレント評議会の招集： これは間違いなく彼の最も重要な行為でした。彼は1545年にトレント評議会を招集し、プロテスタントによって提起された教義上の問題に対処し、カトリックの教えを明らかにし、教会内の虐待に対処するための改革を実施しました。
* プロテスタントの闘い： 彼はプロテスタントの広がりに対抗するための措置を講じました。これには、調査や宣教活動において重要なイエズス会（イエス協会）のような新しい宗教的命令の承認などがあります。
* 教皇裁判所の改革： 完全に成功したわけではありませんが、彼は教皇裁判所内で腐敗とネポティズムを抑制する努力をしましたが、彼自身の家族は彼の後援の恩恵を受けました。
* 芸術の後援： 多くのルネッサンス教皇のように、彼は芸術の後援者であり、ミケランジェロなどのアーティストから作品を試運転していました。しかし、これは彼の宗教的および政治的目標に二次的でした。
* 教皇の力の統合： 彼は、教会の内外からの課題に直面して、教皇の力と権威を強化することを目指しました。
要するに、彼の主な焦点は、プロテスタントの改革に直面したカトリック教会の防衛と改革でした 。